Trong vụ án liên quan đến việc bán trái phép quặng đất hiếm ở Yên Bái, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố ông Hồ Đức Hợp, cựu Giám đốc cùng cựu Phó giám đốc Sở TN&MT Lê Công Tiến và cựu phó chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ Môi trường Bùi Đoàn Như về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
Theo kết luận điều tra, sau khi Công ty Thái Dương được cấp Giấy phép khai thác khoáng sản vào tháng 6/2013, Công ty này do bị can Đoàn Văn Huấn làm Chủ tịch HĐQT, đã vi phạm nhiều quy định pháp luật và các yêu cầu trong giấy phép.
Cụ thể những sai phạm như, không lập thiết kế mỏ được Cơ quan có thẩm quyền phê duyệt; Thực hiện không đúng quy định về việc đăng ký, thông báo ngày bắt đầu xây dựng mỏ, ngày bắt đầu khai thác mỏ; Tiêu thụ tinh quặng đất hiếm hàm lượng TREO 18-20%, trái quy định chỉ được tiêu thụ "Các oxit đất hiếm riêng rẽ có độ sạch 99,9%"; "Không lắp đặt Trạm cân, Camera giám sát để theo dõi lượng quặng nguyên khai khai thác; "Không chấp hành đúng quy định pháp luật về đất đai ”.
Dù đã biết về những sai phạm này, nhưng Sở TN&MT Yên Bái đã không thực hiện thanh tra, kiểm tra, hay có biện pháp xử lý nào. Năm 2021, khi Công ty Thái Dương xin gia hạn Giấy phép khai thác khoáng sản, ông Hồ Đức Hợp cùng 2 thuộc cấp đã báo cáo không trung thực về sai phạm của Công ty Thái Dương với UBND tỉnh Yên Bái về việc chấp hành pháp luật của công ty này.
Dựa trên báo cáo của Sở TN&MT, UBND tỉnh Yên Bái đã gửi văn bản thông báo các vấn đề liên quan đến hoạt động khoáng sản tại mỏ đất hiếm Yên Phú và đề nghị Tổng cục Địa chất và Khoáng sản báo cáo Bộ TN&MT để xem xét việc gia hạn Giấy phép khai thác khoáng sản số 927/GP-BTNMT cho Công ty Thái Dương. Sau đó, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản đã trình đề xuất, và cựu Thứ trưởng Bộ TN&MT Nguyễn Ngọc Linh đã ký gia hạn giấy phép khai thác khoáng sản cho Công ty Thái Dương vào tháng 8/2021.
Từ đó, Công ty Thái Dương tiếp tục khai thác khoáng sản trái phép cho đến khi bị phát hiện và xử lý, gây thất thoát khoáng sản trị giá hơn 864 tỷ đồng.
Trong vụ án, ông Nguyễn Thế Phước , Phó Chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái, khai, ông là người ký văn bản gửi Bộ TN&MT đề nghị gia hạn giấy phép cho Công ty Thái Dương. Tuy nhiên, trách nhiệm giám sát hoạt động khai thác khoáng sản của Công ty Thái Dương thuộc về Sở TN&MT nhưng cơ quan này đã không phản ánh các sai phạm của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, ông Phước cũng không nhận được bất kỳ tố giác hay phản ánh nào từ người dân về các sai phạm trong việc khai thác đất hiếm tại mỏ Yên Phú.